（一）转型壁垒
数字技术与实体经济加速融合应用，市场优胜劣汰机制发生巨大转变，企业面临竞争市场局面更加复杂，以前重视价格、质量等，现在还要重视渠道、方式、手段。传统产业利用数字技术动力不足，信息化投入大、投资专用性强、转换成本高，追加信息化投资周期长、见效慢，试错成本和试错风险超出企业承受能力。行业标准缺失或不统一，无标准或多标准现象并存，严重制约企业应用步伐；企业外部服务体系发展滞后，支撑能力缺失。还有一个重要原因是，数字技术发挥作用时滞较长。数字技术从投入到产生正向经济收益之间约为3-10年。
（二）发展失衡
一是产业不均衡。数字经济发展呈现出三二一产逆向渗透趋势，第三产业数字经济发展较为超前，第一、二产业数字经济则相对滞后。中国信息通信研究院测算表明，2016年我国第三产业ICT中间投入占行业中间总投入的比重为10.08%，而第二产业与第一产业该指标数值仅为5.56%和0.44%，产业间数字经济发展不均衡问题非常突出。二是区域不均衡，扩大社会收入差距。2016年，广东、江苏、浙江数字经济规模均突破2万亿元，三省数字经济总量占全国数字经济总量三分之一，在规模、占比、增速方面均引领全国发展，“强者恒强”效应显著。而云南、新疆、宁夏等十个省份数字经济总量均在3500亿元以下，十省总量仅相当于我国数字经济总量的12%。 三是消费生产不均衡。资本大量涌入数字经济生活服务领域，2016年在线教育融资8.5亿美元，在线医疗融资12.2亿美元，同比增长超过100%。但数字经济生产领域技术和资源投入仍然不足，距离创新、设计、生产制造等核心环节的实质性变革与发达国家还有较大差距。据测算，2016年我国97个生产部门中ICT中间投资占比低于0.5%的部门高达55个。
（三）平台治理
一是责任界定问题。数字经济下新业态丰富、市场主体众多，科学合理界定不同主体的权利、责任和义务，是其健康持续发展的关键。数字经济下平台模式成为主流，平台模式与传统商业模式不同，出了问题，责任往往全部加于平台企业身上。目前，平台，政府，用户之间的责任不清晰，平台企业不应承担无限责任。
