最近的诺贝尔医学奖给了两位干细胞研究者，John Gurdon和Shinya Yamanaka，以奖励他们在干细胞研究和体细胞重编程领域的卓越贡献，而流式细胞术天生就是在临床和研究领域分析、鉴定和分离干细胞和祖细胞的理想工具。近20年来，随着流式细胞仪及其检测技术的日臻完善，样品制备、细胞标记、软件开发等方面不断获得新突破，使得流式细胞仪已广泛应用于免疫学、生物化学、生物学、肿瘤学以及血液学等方面的研究和临床常规工作，成为细胞分选，细胞周期分析，DNA倍体测定，免疫活性细胞分型纯化，血细胞分型分类，药物在细胞中的分布，细胞凋亡等工作中重要的研究工具。
从仪器类型上来说，目前市面上销售的主要是两种流式细胞仪，一种是分析式流式细胞仪，细胞样本经这种仪器分析后最终进入废液桶，不能回收利用;另一种是分选型流式细胞仪，它既能进行流式分析，还能对分析的目的细胞进行分选。总体来说，市场上分析型的产品多于分选型。
相关调研报告预计，2012年全球流式细胞仪的市场为30亿美元，预计2020年市场规模将达到65亿美元，2012到2020年间复合年增长率为30.9%。而据相关网站预计，2016年我国流式细胞仪发展规模将达到7.1亿元，市场主要被BD和Beckman两家企业占领。
