20世纪70年代以后，姚骏恩的科研事业蒸蒸日上。1973～1975年负责指导完成我国第一台扫描电子显微镜研制；1987～1988年率先在国内提出并主持完成扫描隧道显微镜的研制和生产；1991～1993年提出并主持完成我国第一台超分辨光子扫描隧道显微镜，还主持研制了原子力显微镜。
丰硕科研成果让姚骏恩荣获诸多荣誉，他荣获了国家科技进步奖二等奖及全国科学大会奖等11项国家和省部级科技奖。
只争朝夕于“第四次创业”，聚焦空间纳米测控技术
进入新世纪，姚骏恩迎来了科研事业“第二春”。2001年，他当选中国工程院院士。
同年，姚骏恩参与研制生产的Nspm-6800型扫描探针显微镜获得了2001BCEIA金奖。2003年，他迈进北京航空航天大学，担任教授、校学术委员会副主任，航空科学与技术国家实验室（筹）首席科学家和理学院物理研究所所长。
姚骏恩说：“这实现了他54年前报考航空工程系为祖国航空事业服务的愿望。”对此，他倍加珍惜。
在北京航空航天大学期间，姚骏恩只争朝夕，全力以赴致力于工作之中：开拓学科方向、培养科研人员。在国家自然科学基金和科学技术部等支持下，他负责完成了“纳米分辨率活细胞扫描探针原位实时显微观测系统的研究”、“复杂系统与空间物质结构科技创新平台”的子平台——空间物质纳米级就位测试、“扫描电镜增配聚焦离子束纳米加工系统”、“场发射枪透射电子显微镜”等研制项目，并筹建了“微纳测控与低维物理教育部重点实验室”等相关实验室。
姚骏恩将这次工作机会比喻为“第四次创业”：第一次是在中科院长春光机所主持设计、研制10万倍大型电子显微镜；第二次是在中科院北京科学仪器厂研制我国第一台扫描电镜；第三次是在中科院北京电子显微镜开放实验室主持完成扫描隧道显微镜的研制和生产工作。
姚骏恩说：“这是我的第四次创业，我希望重振我国电子显微镜制造事业；发展空间纳米测控技术，在进行太空探测时，能用上中国自己研制的超显微分析仪器，把原子力显微镜等超显微镜放到空间，在月球、火星表面实现纳米量级的就位测量……”
