为了使资金分配有所依据，环境保护部与财政部联合印发实施方案、组织现场抽查、通报考核结果；组织开展县域生态环境质量监测；组织相关部门或单位汇总、评价各相关省（区、市）报送的数据资料，编写监测评价报告；向财政部提交国家重点生态功能区县域生态环境质量考核报告。全力配合国家重点生态功能区县域生态环境质量监测、评价与考核工作。
2014年度评价考核结果显示，492个县域中，生态环境质量“变好”的有69个，占14.0%；“基本稳定”的有355个，占72.2%；“变差”的有68个，占13.8%，其中“明显变差”的有4个，“一般变差”的有15个，“轻微变差”的有49个。
财政部根据上述考核结果调整了2015年转移支付资金的分配，为探索建立生态环保绩效考核体系进行了先行先试。
2015年7月，环境保护部发布了2014年度全国主要污染物总量减排考核公告。
公告指出，2014年，全国化学需氧量排放总量同比下降2.47%；氨氮排放总量同比下降2.9%；二氧化硫排放总量同比下降3.4%；氮氧化物排放总量同比下降6.7%，4项污染物排放量较2010年分别下降10.1%、9.8%、12.9%和8.6%。
在这次考核中，环境保护部落实简政放权的要求，改进了考核方式，由原来的全国考核改为对部分地区重点考核。对重点排污企业，采用调度检查的方式，并对检查情况进行季度通报。
